refactor: prepare runtime and LLM directory layout

[JasonW404]

调整方式和目的

为后续自建 NativeAgent 准备目录，迁移现有实现并明确公共入口与内部模块的边界。

实现	所属目录
现有 CoreAgent / CodeAgent 执行逻辑	agents/execution/code/legacy_agent.py
MCP 生命周期、工具用户上下文	agents/resources/
LLM 请求和适配器基类	gateway/llm/adapter.py
OpenAI 适配器	gateway/llm/providers/openai.py

根据评审收敛入口

• 保留 agents/core_agent.py，仅显式导出 CoreAgent；agents/__init__.py 延迟导出保持。未来运行时选择在此公共边界实现。
• 删除四个内部旧模块：agents/managed_mcp.py、agents/tool_user_context.py、gateway/modality/llm/llm_adapter.py、gateway/modality/llm/openai.py。
• 移除 sys.modules 兼容别名。资源、LLM、内部辅助符号及测试 patch 使用实际实现路径；NexentAgent 通过公共 CoreAgent 入口接入。
• CoreAgent 类身份保持，仍继承 CodeAgent。直接依赖已删除内部路径的外部调用需更新导入；不再支持旧内部序列化模块路径。

本次没有实现 NativeAgent、运行时开关、组合调度门面、新模型档案注册或统一 HTTP sender；smolagents 版本、请求算法、API、数据库和 UI 行为保持。

目录设计、范围和验证证据仅保存在独立 nexent-doc 的 runtime-model-capability-execution/ 中，不纳入本代码 PR。

本次整改验证

• Agent/gateway 按 CI 逐文件隔离回归：1,894 passed，包括 9 项公共导出、删除旧路径、延迟加载、注册和序列化检查。
• 正式 D1/D2：5 passed。
• 五个原有实现排除 import 后 AST 与 develop 基线一致。
• 正式测试资产、生成 Excel 和 git diff --check 通过。
• 原目录迁移保留的测试夹具修正详见提交：补齐 context 字段、显式启用既有协议修复用例的策略、捕获实际 logger 和既有生命周期日志；未改产品日志或降低行为断言。
• 资源边界测试保留正常/异常生命周期、身份覆盖和上下文不可变性验证；删除旧模块身份测试，替换为旧内部路径不可导入验证。

VM 验证与 CI

最新整改提交 ab9274406（同步 develop 8fe2381e2） 已完成本地和 VM 验证：

• 恢复已获批的 v2-6-1-docker-cache 快照，原生挂载工作树；构建 ARM64 main/web/mcp。
• local-latest 模式取 latest 标签，将本次镜像标记为 latest 后部署 infrastructure/application/supabase；确认运行中镜像及八个 SDK 文件哈希匹配本次源码。
• 运行中的 config 容器：公共 CoreAgent 类身份、旧内部路径不可导入、CodeAgent 继承、代码解析、LLM 注册、序列化检查 PASS。
• config health、runtime OpenAPI、northbound health、前端页面均 HTTP 200；验证 Test Tanent 与三角色账号，super-admin 默认凭据保持。

此前 CI 因 develop 新合入的 Windows 沙箱重复引入旧辅助符号路径而失败；已同步最新基线、清除重复导入，并补充真实 NexentAgent 组装导入回归。39 个失败文件的 1,104 项回归经补齐本地测试依赖后通过；正式 D1/D2 5 PASS。再次恢复干净 VM 验证，运行中的 NexentAgent 加载、八个关键 SDK 哈希及四个健康接口 PASS。复用未受影响且已验证的 web/MCP 构建镜像，main 按最终源码重建。

最终 CI 状态

代码验证提交 ab92744060688ce80e3ae3f2a12fae79133af6ac 全部检查 PASS：全量 unit-test、各镜像 AMD64/ARM64、CodeQL、SonarCloud、codecov/patch。Codecov patch 100.00%（目标 90.00%），所有可统计修改行有测试覆盖。PR 为 ready for review，未合并。

回滚：revert 本 PR，无数据迁移。本 PR 未合并。

按评审要求，文档清理提交 df7caac15 从本 PR 移除 docs/runtime-layout-preparation.md，说明和证据保留在独立 nexent-doc；此提交不修改代码。

[Copilot]

Copilot was unable to review this pull request because the user who requested the review has reached their quota limit.

[codecov]

Codecov Report

✅ All modified and coverable lines are covered by tests.

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